Стефан, Архиепископот Охридски и Македонски, е роден на 1 мај 1955 година во село Добрушево – Битолско, како Стојан (Велјановски), во патријархално православно македонско семејство, како шеста рожба на неговите благочестиви родители Тале и Стојанка.
По завршувањето на основното уќилиште, есента 1969 година се запишал во Македонската Православна Богословија „Свети Климент Охридски“ во Драчево – Скопје, која со успех ја завршил во 1974 година. Потоа се запишал на Белградскиот православен факултет.
По дипломирањето на Факултетот, во 1979 година, Светиот архиерејски Синод на Македонската Православна Црква го поставил за професор во Македонската православна богословија „Свети Климент Охридски“ во Драчево – Скопје, а веќе идната година бил испратен на последипломски студии на Екуменско-патролошкиот институт „Свети Николај“ во Бари – Италија, на кој магистрирал во 1982 година.
По враќањето од Италија бил поставен за предавач на Православниот богословски факултет „Свети Климент Охридски“ во Скопје, по предметите Свето Писмо на Стариот Завет и Патрологија, должност од која е избран за архиереј на Македонската православна црква.
Замонашен е на 03 јули 1986 година во манастирот „Свети Наум Охридски Чудотворец“ во Охрид, а хиротонисан за епископ на 12 јули 1986 година во храмот „Свети Димитриј“ во Скопје како митрополит Злетовско-струмички, а кратко потоа именуван за Митроплит на Брегалничката Епархија.
Во наредните години тој работел како професор на Православниот богословски Факултет во Скопје, бил главен уредник на весникот „Црковен Живот“ и ја вршел функцијата Ректор на Македонската православна богословија „Свети Климент Охридски“ во Драчево – Скопје во периодот 1991-1999 година и портпарол на Светиот Архиерејски Синод.
На Црковно-народниот Собор, одржан на 9.10.1999 година, во Соборниот храм на древната Охридска Архиепископија „Света Софија“ во Охрид, бил избран а на 10.10. 1999 година востоличен како петти Поглавар на Македонската Православна Црква и оттогаш тој ја извршува должноста Архиепископ Охридски и Македонски, а истовремено е и надлежен архиереј на Скопската православна епархија.