Но, постигнувањето на оваа цел не зависело само од желбата на Организацијата. На врховистите од Софија во никој случај не им одговарала самостојноста на македонското револуционерно движење, ниту пак независноста на Македонија.

Испровоцираните востанија, обидите за дискредитирање на Организацијата пред народот и физичкото ликвидирање на истакнатите раководители, имале точно таква цел - да се внесе немир и неспокојство во револуционерните редови, да се изврши притисок за предвремено востание. Особено горноџумајската акција на врховистите од есента 1902 година постигнала успех. Во прилог на тоа во исто време придонело и обезглавувањето на Централниот комитет во Солун.

Како резултат на предавството во почетокот на 1901 година три члена на ЦК - Пере Тошев, Христо Матов и Христо Татарчев - биле затворени. Со оглед на ширината на апсењата на членовите на Организацијата, Иван Хаџи Николов, очекувајќи дека неминовно ќе биде фатен, целата кореспонденција, врски, шифри му ја предал на врховистот Иван Гарванов. Наоѓајќи се во ситуација да ги држи конците на Организацијата во свои раце, овој ја напуштил политиката на МРО и повел курс кон брзо и предвремено подигање на востание.

Во почетокот на јануари 1903 година тој свикал конгрес во Солун. Учесниците на Солунскиот конгрес донеле решение за подигање востание во Македонија во текот на пролетта истата година. Оваа одлука предизвикала остри реакции кај дел од повидните дејци на Организацијата, особено кај Гоце Делчев, Ѓорче Петров, Јане Сандански и други, кои сметале дека востанието е предвремено.

Во мај 1903 година на Смилевскиот конгрес било потврдено решението за кревање востание и е формиран Главен штаб. Веднаш по Конгресот во Смилево, во сите револуционерни околии се одржале собранија на кои биле разработени мерките неопходни за подготовка на востанието. Особено внимание & било посветено на воената подготовка на востаниците и на народот. Се изведувале воени вежби, се собирале прехранбени продукти, оружје, муниција, лекови итн.

Откако се заклучило дека во Округот ситуацијата е зрела за востание, Главниот штаб се состанал на 26 јули на врвот Победоносец над Смилево и донел решение за објавување на востанието. Во прогласот што на 28 јули бил издаден, за ден на востанието бил определен втори август, на празникот Илинден. Во исто време до големите сили била упатена Декларација на Внатрешната организација за почетокот на востанието и соопштение од Главниот штаб до Дирекцијата на источните железници во Македонија, со седиште во Скопје.

Како што било договорено, востанието почнало на втори август и се проширило на најголемиот дел од Македонија, но со најсилен интензитет се изразило во Битолскиот округ.

Поважните битки се одиграле во Смилево (Битолско), охридска Малесија, Горна и Долна Дебарца, селата Карбуница, Извор и Душегубица (Кичевско), Прибилци (Демирхисарско), Чаништа (Мариовско) и на некои други места. Востаниците ги ослободиле градчињата Клисура и Невеска, Костурско и Крушево во коешто била формирана Крушевската Република на чело со Никола Карев. Иако бил противник на предвреме донесената одлука за востание во Солун, по дефинитивното решение на Конгресот во Смилево за дигање востание во Битолскиот округ, Никола Карев ги вложува сите свои револуционерни и умствени способности за успешно изведување на востанието во својот реон. На трети август 1903 година градот Крушево бил ослободен од турската власт. Во него се настанил Штабот на крушевските востаници.

Митинзи за поддршка на Илинденците и Македонската револуционерна организација беа одржувани во сите метрополи на светот, 1903 година беше прогласена за "Македонска година". Апелот од Њујорк и Филаделфија гласеше "Крик од Македонија за една забранета република". На првите страници на светскиот печат меѓу Лондон и Париз, Берлин и Вашингтон, Женева и Виена, Москва и Санкт Петербург, се до далечните Буенос Аирес и Токио, Илинденците беа нарекувани "светци на македонскиот идеализам". Пресечените глави на македонските револуционери беа спроведувани со античко-трагичните митови, опожарените села и градови, масакрите на невиното население, натераа голем број светски умови од редот на Толстој, О’ Конор, Бернард Шо, Џон Макдоналд и други да се запрашаат: ќе има ли спас за Македонија, ќе биде ли спасен европскиот хуманизам или ќе започне еден нов крвав век, гробница на човечката надеж?

Во текот на востанието комитите биле бројни примери на антички хероизам и саможртва за слободата на својот народ. Тоа било задушено и имало тешки последици за македонскиот народ. Биле запалени над 200 села во 14 кази, изгорени 12.400 куќи, убиени 8.816 жители од кои над 1.000 биле востаници, а над 70 илјади луѓе останале без покрив на главата.

За пробивање на вистината за положбата на македонскиот народ пред светската јавност, огромна улога изиграле и здруженијата на македонската емиграција, и особено македонските студентски здруженија, како на пример во Швајцарија, Русија, Белград, Софија, Загреб итн. Театарската група на Војдан Чернодрински "Скрб и утеха" со својата драма "Македонска крвава свадба" на најпластичен начин ја изнесувала положбата на македонскиот народ пред гледачите во Бугарија и Србија.

На тој начин, и покрај тешките последици што Илинденското востание ги остави зад себе во Македонија, тоа придонесе вистината за македонскиот народ, за неговата борба, за неговите стремежи во целата своја тежина да си пробие пат во светот.

Задушувањето на востанието, растурањето на воената сила на Организацијата - четите, прибирањето и складирањето на оружјето за подобри времиња, потоа суровоста на турските казнени одреди, пљачкашките албански групи во западна Македонија, несобраната летина, разрушените куќи, огништа и настапувањето на зимата создале безброј и тешко решливи проблеми. Барајќи излез од тешкотиите, голем дел од селското население почнало да бара засолниште во поголемите градски центри. Други, во потрагата за леб и сигурност, заминале во емиграција, или на печалба во Грција, Србија, Бугарија и Романија, во другите делови на Османлиската империја, кон Австро-Унгарија и други земји во Западна Европа. Седум до осум илјади лица се иселиле во Северна Америка.

Тешката положба во Македонија по востанието уште повеќе се комплицирала со зголемувањето на интензитетот на вооружените пропаганди од соседните земји.

Илинденското востание и положбата што по него настанала во Македонија ја предизвикале реакцијата на големите сили особено на Австро-Унгарија и Русија како најзаинтересирани за балканските земји. Тргнувајќи од своите сопствени интереси да се запази целоста на Османлиската империја, а според тоа и развојот на ситуацијата да се стави под нивна контрола, двете сили, уште додека траеле востаничките акции во Македонија, пристапиле кон меѓусебно договарање за преземањето на заеднички иницијативи за подобрување на положбата во Македонија. На тој начин биле изработени познатите "Мирцштегски реформи" кои предвидувале реформи на турската жандармерија, администрацијата, судството, развивање на месната самоуправа и слично.

Мирцштегските реформи не навлегле во суштината на ситуацијата во Македонија, затоа и не можеле да ги задоволат интересите на македонскиот народ. Поради тоа тие биле комлетно осудени од Внатрешната организација.